XPを使っているユーザの方から質問されて、改めて調査してみました。
まず
1.タスクバー経由で設定をリセットする。
何でもいいからIEでどっかのサイトを開きます。
Shiftキーを押しながらそのサイト内のリンクをクリックし、新しいウインドウでページを開きます。
新しいウインドウで開いたページだけを残して、後のウインドウは全部閉じます。
その状態で、タスクバーを右クリック→「上下に並べて表示」か「左右に並べて表示」を選択します。
この時点で位置情報がリセットされます。
その後、開いているウインドウの四隅にマウスカーソルを合わせて、ドラッグすることで好みの窓の大きさにします。
でもって、最後にCtrlボタン（なんかよそのサイトではShiftボタンって言う説もありますが、違いはよくわかりません）を押しながら「×」ボタンでウインドウを閉じます。
この時点で新しいウインドウサイズがIEに記憶されます。
次にIEを起動するとさっきのウインドウサイズで開くはずです。
